Η πύλη Πορτάρα, υπήρξε μέρος του ναού του Απόλλωνα, βρίσκεται στο νησάκι Παλάτια το οποίο ενώνεται με την πόλη με μία στενή λωρίδα γης. Ο ναός του Απόλλωνα χρονολογείται στον 6ο αι. π.Χ. άρχισε να χτίζεται από τον τύραννο Λύγδαμι, αλλά έμεινε ημιτελής λόγο της πτώσης της τυραννίας.
Ο αρχαϊκός ναός ήταν ιωνικού ρυθμού είχε μήκος 59 μέτρα και πλάτος 28 μέτρα. Η είσοδος του ναού ήταν από τη δυτική πλευρά, γεγονός ασυνήθιστο για ναούς τέτοιου τύπου. Από τη γεωμετρική εποχή υπήρχε στη θέση του ναού ένα υπαίθριο ιερό το οποίο ήταν ένα απλό τέμενος με βωμό. Σήμερα απο τον ναό, σώζονται μόνο τα θεμέλια, η βάση της Αγ. Τράπεζας και η τεράστια πύλη του ναού, γνωστή στους Ναξιώτες ως Πορτάρα, λόγο του τεράστιου μεγέθους της το οποίο φτάνει σχεδόν 6 μέτρα σε ύψος και 3,5 μέτρα σε πλάτος. Αποτελείται από τέσσερα κομμάτια μαρμάρου που ζυγίζουν δεκάδες τόνους γεγονός που πιθανότατα ανάγκασε τους Ενετούς να μην την χρησιμοποιήσουν στην κατασκευή του Κάστρου της Χώρας, σε αντίθεση με ότι συνέβη με τα υπόλοιπα τμήματα του ναού.
Στο κατώφλι του ναού, μπροστά στην πύλη, υπήρχαν 4-5 σκαλοπάτια πάνω από το επίπεδο του δαπέδου, γεγονός που πιθανότατα σχετίζεται με την ιεροτελεστία του Δήλιου Απόλλωνα.
Ο ναός του Απόλλωνα, μετατράπηκε σε χριστιανική εκκλησία στον τύπο της βασιλικής κατά 5ο ή 6ο αιώνα. Γύρω από τη βασιλική εκκλησία αναπτύχθηκε σημαντικός οικισμός που επιβίωσε μέχρι τη φράγκικη κατάκτηση.
Το νησάκι Παλάτια χρησίμευε ως φρούριο απ όπου εφορμούσαν οι Ερυθραίοι και οι Μιλήσιοι, επίδοξοι κατακτητές της Νάξου. Σήμερα, οι άκρες των αρχαίων παραλίων έχουν καλυφθεί από τη θάλασσα, εξαιτίας της αύξησης της στάθμης της Μεσογείου. Συνεπώς, εικάζεται πως το νησάκι των Παλατιών ήταν ένας λόφος, χαμηλότερος από το «λόφο» του Κάστρου σε μια μεγάλη παραθαλάσσια πεδιάδα.
Σύμφωνα με τη μυθολογία, στο νησάκι παλάτια ο Θησέας εγκατέλειψε την Αριάδνη, από όπου την απήγαγε και την παντρεύτηκε ο Διόνυσος με τους ακολούθους του. Ο μύθος αυτός ενέπνευσε καλλιτέχνες από όλον τον κόσμο, οι οποίοι με τα έργα τους έκαναν γνωστή την Νάξο παγκοσμίως. Εδώ γιορτάστηκαν και τα πρώτα «Διονύσια».